Sekä valtakunnallisesti että sairaanhoitopiireittäin on laadittu tartuntojen torjuntaohjeet terveydenhuollon ammattilaisille. Useissa sairaaloissa ylläpidetään sähköistä muistutusta ESBL-kantajien tunnistamiseksi.
Yleensä ESBL-E. colin leviämisen estämiseksi riittää, että sekä potilaat että henkilökunta noudattavat hyvää käsihygieniaa, erityisesti eritekontaktin yhteydessä. Henkilökunta antaa ohjausta käsihygienian toteuttamisessa. Joskus potilas voidaan sijoittaa yhden hengen huoneeseen paikallisten ohjeiden mukaisesti, jos tartuttavuus arvioidaan erityisen suureksi tai jos osaston muut potilaat ovat erityisen infektioherkkiä. Myös tarpeettomien, liian laajakirjoisten ja pitkien antibioottikuurien välttäminen on tärkeää.
ESBL:n ja muiden suolistobakteerien aiheuttamia infektioita voidaan estää myös tavanomaisilla aseptisilla toimintatavoilla erilaisissa toimenpiteissä.