​Ihoborrelioosiin käytetään kahden viikon antibioottikuuria (yleensä amoksisilliini tai doksisykliini). Levinneessä borrelioosissa käytetään 2–3 viikon mittaista suonensisäistä antibioottikuuria tai 2–4 viikon mittaista suun kautta otettavaa antibioottikuuria.

Varhain aloitettu hoito tehoaa yleensä hyvin. Jos hoito viivästyy, aiheutuneiden kudosvaurioiden ja varsinkin ääreishermojen oireiden paraneminen voi viedä kauan, vaikka itse bakteeri olisi jo hävitetty antibioottihoidolla elimistöstä. Levinneen borrelioosin hoidossa tapahtuu siksi paranemista jopa useita kuukausia infektion paranemisen jälkeen. Pitkittyneiden, antibioottikuurin jälkeen jatkuneiden oireiden hoidossa uudesta antibioottihoidosta ei ole tutkimuksissa saavutettu enää lisähyötyä. Asianmukaisen antibioottihoidon jälkeen borrelioosi ei piiloudu elimistöön, eikä se aktivoidu uudelleen. Sairastettu borrelioosi ei anna vastustuskykyä uutta tartuntaa kohtaan, joten borrelioosiin voi sairastua uudelleen.