Vakavan influenssan riskiryhmiin kuuluvat 65 vuotta täyttäneet, pitkäaikaissairaat (kuten sydän- ja keuhkosairaat, syöpäpotilaat, kroonista maksa- tai munuaistautia sairastavat), vastustuskykyä heikentävää lääkehoitoa saavat, raskaana olevat ja alle 1-vuotiaat. Aikuisilla influenssan yleisimmät komplikaatiot ovat keuhkokuume ja poskiontelotulehdus, harvemmin sydänlihastulehdus. Ikääntyneillä influenssan jälkitautina vakavat pneumokokkibakteerin aiheuttamat taudit eli verenmyrkytykset, ovat viime vuosina lisääntyneet.
Pitkäaikaissairailla influenssa pahentaa taustalla olevaa sairautta, esimerkiksi astman oireet voivat vaikeutua. Influenssa voi aiheuttaa sydän- ja aivoinfarkteja sekä sydämen vajaatoiminnan pahenemista. Influenssa kuusinkertaistaa akuutin sydäninfarktin riskin viikon sisällä infektiosta. Riski on suurin ikääntyneillä ja B-influenssainfektion jälkeen se on jopa 10-kertainen. Influenssan seurauksena kuolemanriski on viisinkertainen iäkkäillä sydänsairailla, mutta jopa 20-kertainen, jos iäkkäällä on sekä krooninen keuhkosairaus että sydänsairaus.
Raskaus heikentää elimistön puolustusjärjestelmää, ja influenssaan sairastuminen lisää ennenaikaisia synnytyksiä ja keskenmenoja.
Lapsilla tavallisin jälkitauti on äkillinen välikorvantulehdus, joka ilmaantuu jopa 40 prosentille alle 3-vuotiaista.