Sairaalassa pyritään estämään MRSA:n leviämistä potilaasta toiseen, sillä sairaalapotilaat ovat alttiimpia oireisille infektioille heikentyneen vastustuskyvyn ja erilaisten toimenpiteiden takia. Sekä valtakunnallisesti että sairaanhoitopiireittäin on laadittu MRSA:n leviämisen torjuntaohjeet terveydenhuollon ammattilaisille. Useissa sairaaloissa ylläpidetään sähköistä rekisteriä kantajien tunnistamiseksi.
Tärkein leviämistä ehkäisevä toimi on henkilökunnan, potilaiden ja myös vierailijoiden käsihygienia, joka perustuu alkoholipohjaisen käsihuuhteen käyttöön. Saatte henkilökunnalta ohjausta käsihygieniasta. Vierailut sallitaan normaalisti henkilökunnan ohjauksessa. Henkilökunta käyttää suojaimia lähihoidossa. MRSA-kantaja sijoitetaan yleensä yhden hengen huoneeseen tai huoneeseen, jossa on muita MRSA-kantajia.
Lisäksi MRSA:n pääsyä ihon pinnalta syvempiin kudoksiin estetään henkilökunnan aseptisilla toimintatavoilla, erityisesti ihoa läpäisevissä toimenpiteissä (katetrien laitto, leikkaukset).