Jos näytteet ovat positiiviset, eli puhdistushoito on epäonnistunut, potilaalle ja perheelle voidaan tarvittaessa antaa uusi puhdistushoito. Näin toimitaan varsinkin, jos kyseessä on terveydenhuollon työntekijä, jonka kantajuus halutaan pysyvästi poistaa. Silloin kun puhdistushoidon aiheena on PVL-positiivisen MRSA-bakteerin tai herkän S. aureuksen aiheuttamat toistuvat paiseet, ja jos annetun puhdistushoidon jälkeen paiseet ovat lakanneet ilmaantumasta, mutta kantajuus näkyy edelleen näytteissä, voidaan joskus myös tyytyä tällaiseen tilanteeseen. Puhdistushoitoa ei tarvitse toistaa vain pelkän bakteerin olemassaolon vuoksi, jos se ei enää aiheuta oireita. Jos puhdistushoitoa ei toisteta tai tilannetta jäädään seuraamaan, myöskään seurantanäytteitä ei oteta, ellei myöhemmin haluta erityisesti päästä eroon potilastietojärjestelmän MRSA-riskitiedosta. Kantajuuden poistumisen seuranta voi aiheuttaa pitkäaikaista stressiä erityisesti henkilöille, jotka ovat muuten taipuvaisia huolestumaan terveydentilaan liittyvistä poikkeamista. Se voi olla haitallisempaa kuin itse bakteerin kantajuus. Tällaista mielipahan aiheuttamista pyritään hoidossa ennakoimaan ja välttämään.
Jos näytteet ovat olleet toistuvasti negatiiviset vuoteen asti, MRSA:n voidaan katsoa hävinneen ja potilastietojärjestelmään merkitty riskitieto voidaan poistaa.
Ennen kuin riskitieto poistetaan, MRSA-kantajaa hoidetaan sairaalassa edelleen MRSA:n potilaan hoitoon ohjeistettujen varotoimien mukaan: potilas sijoitetaan sairaalahoidossa edelleen yhden hengen huoneeseen, jossa toimiessaan henkilökunta noudattaa hyvää käsihygieniaa ja käyttää aina lähihoidossa suojaimia (pitkähihainen essu tai suojatakki, suojakäsineet) ja MRSA:ta sisältävän haavan hoidossa kirurgista suu-nenäsuojusta. Potilaan poistuessa huoneestaan sairaalassa esimerkiksi tv-huoneeseen tai tutkimuskäynnille muuhun yksikköön hänellä on mieluiten puhdas vaatekerta (ei haavaeritteitä tai hilseitä) ja hän desinfioi kätensä ennen lähtöä. Tällaista potilasta ei kuitenkaan sijoiteta vuodeosastohoidossa samaan huoneeseen muiden MRSA-kantajien kanssa, ettei hän saisi uutta tartuntaa. Kun riskitieto on poistettu näytteiden oltua negatiivisia vuoden ajan, noudatetaan potilaan hoidossa tavanomaisia varotoimia, joka tarkoittaa, että henkilökunta noudattaa normaalia hyvää käsihygieniaa ja esimerkiksi että hoitoympäristö siivotaan päivittäin.