I de flesta fall räcker det med en magnetkameraundersökning (MRI) för att undersöka en bukspottkörtelcysta, eftersom olika cysttyper ofta har ett mycket typiskt och igenkännbart utseende. Magnetkameraundersökning ger en bra helhetsbild av bukspottkörteln och dess gångar utan att utsätta patienten för strålning. Ibland, om fyndet förblir oklart, kan man göra en datortomografi, det vill säga en DT-undersökning. DT-undersökning kan hjälpa till att särskilja cysttyper från varandra och visa alarmerande drag, men den innebär alltid en viss strålningsdos.
För att säkerställa diagnosen kan man i vissa fall försöka ta ett vävnadsprov med en tunn nål det vill säga FNB (fine needle biopsy), från cystans väggceller samt undersöka cystans innehåll och celler, det vill säga FNA (fine needle aspiration). På så sätt kan man bedöma om det rör sig om en slemproducerande cysta och om det finns tecken på avvikande cellbeteende. För detta görs en endoskopisk ultraljudsundersökning, det vill säga EUS (endoscopic ultrasound), där en man med en slangformad kamera ta sig till magsäckens eller tolvfingertarmen och genom dess vägg kan man med en tunn nål ta prover från bukspottkörteln och dess cystor. Undersökningen är dock invasiv, och som vid alla ingreppmedför det risker såsom blödning eller bukspottkörtelinflammation. Bukspottkörtelgången kan även undersökas med en liknande endoskopisk teknik via tolvfingertarmen. Därifrån kan man ta sig in i bukspottkörtelgången och sprunta in konstrastmedel och ta röntgenbild (dvs ERCP, endoskopisk retrograd kolangiopankreatografi) eller med en kamera titta in bukspottskörtelgången (dvs Spy-glass skopi). I samband med dessa kan man även ta ta prover. Även dessa är invasiva undersökningar som medför risk för komplikationer.