Monen vuoden käytön jälkeen myös syöpäriski on korkeampi. Mikäli hyljinnänestolääkkeitä lopetettaisiin tai annoksia olisi liian pieniä, munuaissiirteen toiminta heikkenee joko äkillisesti tai salakavalasti pidemmällä ajanjaksolla. Tätä kutsutaan hyljinnäksi tai rejektioksi. Munuaissiirteen toiminnan heikkeneminen voi johtua eri syistä. Lisäksi lääkehoidosta voi tulla erilaisia haittavaikutuksia, mutta niiden esiintyminen on yksilöllistä.