Mitä varhaisemmassa vaiheessa munuaisia suojaava hoito aloitetaan, sen parempi. Lääkehoito on samankaltaista riippumatta siitä, mikä syy on munuaisvaurion aiheuttanut.
Munuaistaudin pahenemista voidaan hidastaa erityisesti kohonneen verenpaineen tehokkaalla hoidolla. Verenpainetta alennetaan elämäntapamuutoksilla ja lääkkeillä. Diabeetikolla hyvä verensokerin hoitotasapaino on eduksi myös munuaisten kannalta.
Krooniseen munuaistautiin liittyy monia aineenvaihdunnallisia häiriöitä, kuten veren fosfaattiarvon nousua, kalsiumtason laskua ja lisäkilpirauhashormonin pitoisuuden nousua. Munuaistautiin voi myös liittyä happamien aineenvaihduntatuotteiden kertymistä, mitä hoidetaan natriumbikarbonaattitableteilla. Kohtalaisen vaikeassa munuaistaudissa ilmenee usein anemiaa, jota hoidetaan rautavalmisteilla ja luuytimen punasolumuodostusta lisäävillä aineilla.
Monet lääkkeet poistuvat elimistöstä pääosin tai osittain munuaisten kautta. Kun munuaisten toiminta huononee, täytyy munuaisten kautta elimistöstä poistuvan lääkkeen annosta yleensä vähentää. Tämä tapahtuu lääkkeen valmisteyhteenvedon mukaisesti joko lääkkeenoton annosväliä pidentämällä tai yksittäistä annosta pienentämällä.
Tulehduskipulääkkeet voivat heikentää munuaisten verenkiertoa ja aiheuttaa joko ohimenevän akuutin munuaisvaurion tai heikentää munuaisten toimintaa pysyvästi. Munuaistautia sairastavan potilaan tuleekin aina keskustella lääkärin kanssa, voiko hän käyttää tulehduskipulääkettä. Pitkäaikaista tulehduskipulääkkeiden käyttöä tulee välttää.