På sjukhus försöker man förhindra att MRSA sprids från en patient till en annan, eftersom sjukhuspatienter är mer mottagliga för symtomatiska infektioner på grund av försvagat immunförsvar och olika åtgärder. Man har utarbetat riktlinjer för hälso- och sjukvårdspersonal om hur man motverkar spridning av MRSA både nationellt och per sjukvårdsdistrikt. Flera sjukhus upprätthåller ett elektroniskt register för att identifiera bärare.
Den viktigaste förebyggande åtgärden är personalens, patienternas och besökarnas handhygien, som bygger på användning av alkoholbaserat handdesinfektionsmedel. Personalen ger dig vägledning i fråga om handhygien. Besök tillåts normalt enligt personalens anvisningar. Personalen använder skyddsutrustning vid nära vård. En MRSA-bärare placeras vanligtvis i ett enkelrum eller i ett rum med andra MRSA-bärare.
Dessutom förhindras spridningen av MRSA från hudytan till djupare vävnader genom personalens aseptiska rutiner, särskilt vid ingrepp som penetrerar huden (kateterisering, operationer).