Våra ytvävnader (näsa, luftvägar, tarmar, hud, slemhinnor) har bakteriekolonier som kallas normalflora eller mikrobiom. De är ofarliga för kroppen och ofta till och med nyttiga. I människans tarm finns det till exempel cirka 1,5 kg bakteriemassa som innehåller 500–1000 olika bakteriearter. Det finns också många olika bakteriestammar i munnen och luftvägarna. Till exempel har cirka 20 procent av den asymtomatiska befolkningen Staphylococcus aureus i näsan. Med stigande ålder blir det också vanligare med asymtomatisk bakteriebärarskap i urinen, som förekommer hos upp till 20–50 procent av den äldre befolkningen.
Kvaliteten och kvantiteten av denna normalflora påverkas bland annat av faktorer som matvanor, livsstil och levnadsförhållanden samt ärftliga faktorer. Normalfloran kan störas av till exempel antibiotikabehandlingar, resor, sjukdomar eller sjukhusvistelse. Antibiotika som används hos produktionsdjur kan öka förekomsten av multiresistenta bakterier i livsmedel. Nära kontakt, antingen på sjukhus eller i hemmet, kan också överföra bakteriestammar från en person till en annan. God hygienpraxis kan förhindra spridningen. Hos en frisk person är störningar i normalfloran som orsakas av till exempel utlandsresor eller en antibiotikakur vanligtvis tillfälliga.