På sjukhus försöker man förhindra att MRSA sprids från en patient till en annan, eftersom sjukhuspatienter är mer mottagliga för symtomatiska infektioner på grund av försvagat immunförsvar och olika åtgärder. Riktlinjer för smittskydd för hälso- och sjukvårdspersonal har utarbetats både nationellt och per sjukvårdsdistrikt. Flera sjukhus upprätthåller en elektronisk påminnelse för att identifiera bärare.
Den viktigaste förebyggande åtgärden är personalens, patienternas och besökarnas handhygien, som bygger på användning av alkoholbaserat handdesinfektionsmedel. [SA1] Personalen ger dig vägledning i fråga om handhygien. Besök tillåts normalt enligt personalens anvisningar. Personalen använder skyddsutrustning vid nära vård. Vanligtvis placeras en MRSA-bärare i ett enkelrum.
Med standardiserade aseptiska metoder kan man, t.ex. vid kateterinsättning och kirurgi, också förebygga infektioner orsakade av MRSA och andra ytbakterier i kroppen.