Behandlingen av sällsynta sjukdomar bygger oftast på behandling av symtom och anpassning av levnadsförhållandena till patientens behov. När en läkemedelsbehandling har utvecklats för en sjukdom talar man om riktad behandling. Det handlar vanligtvis om behandlingar som avviker från den godkända indikationen (off label) eller om särläkemedel (orphan drugs).
Särläkemedel kännetecknas av höga priser, en liten användargrupp och begränsad kunskap om läkemedlets fördelar.