HUSin Uudessa lastensairaalassa on oma päivystysjärjestely elinsiirtoja varten. Se toimii yhteistyössä aikuisyksikön kanssa, joka vastaa pääosin luovutusleikkauksesta. Kun tieto mahdollisesti sopivasta luovuttajasta saadaan, lapsipotilas kutsutaan Uuden lastensairaalan Vuodeosasto Taikaan, jossa hoidetaan elinsiirtopotilaita.
Saapumisen jälkeen potilaasta otetaan keuhkojen ja poskionteloiden röntgenkuvaukset sekä joukko laboratoriokokeita. Hylkimisenestolääkitys aloitetaan osastolla ennen leikkaussaliin menoa. Varmuus tulevasta leikkauksesta saadaan tuntien kuluessa ja lopullinen päätös ja itse leikkaus tapahtuvatkin useimmiten yöaikaan.
Munuaisten omaissiirroissa siirtopäivä sovitaan hyvissä ajoin, ja potilas ja luovuttaja tulevat HUSiin jo edellisenä päivänä. Luovuttajaleikkaus eli munuaisen irrotus tapahtuu aikuiskirurgian yksikössä seuraavana aamuna ja siirteen kiinnitys Uudessa lastensairaalassa aamupäivän kuluessa.