HUSin Uudessa lastensairaalassa on oma päivystysjärjestely elinsiirtoja varten. Se toimii yhteistyössä aikuisyksikön kanssa, joka vastaa pääosin luovutusleikkauksesta. Kun tieto mahdollisesti sopivasta luovuttajasta saadaan, lapsipotilas kutsutaan Uuden lastensairaalan Vuodeosasto Taikaan, jossa hoidetaan elinsiirtopotilaita.
Saapumisen jälkeen potilaasta otetaan keuhkojen ja poskionteloiden röntgenkuvaukset sekä joukko laboratoriokokeita. Hylkimisenestolääkitys aloitetaan osastolla ennen leikkaussaliin menoa. Varmuus tulevasta leikkauksesta saadaan tuntien kuluessa ja lopullinen päätös ja itse leikkaus tapahtuvatkin useimmiten yöaikaan.
Munuaisten omaissiirroissa siirtopäivä sovitaan hyvissä ajoin, ja potilas ja luovuttaja tulevat HUSiin jo edellisenä päivänä. Luovuttajaleikkaus eli munuaisen irrotus tapahtuu aikuiskirurgian yksikössä seuraavana aamuna ja siirteen kiinnitys Uudessa lastensairaalassa aamupäivän kuluessa.
Siirtoleikkauksen suorittavat Uuden lastensairaalan elinsiirtokirurgit. Itse toimenpide tehdään samojen periaatteiden mukaisesti kuin aikuisilla. Luovuttajan ja vastaanottajan kokoero tuo lisävaatimuksia itse leikkaukseen ja melko usein leikkaushaava kyetään sulkemaan täysin vasta muutaman päivän kuluttua itse siirrosta. Tästä ei ole potilaalle tai siirteelle haittaa. Siirtoleikkaus kestää munuaisensiirroissa 2–4 tuntia, mutta muissa siirroissa usein 6–12 tuntia.
Leikkauksen päätyttyä verenkiertotilanne siirteessä tarkistetaan ultraäänitutkimuksella. Leikkaussalista otetaan silloin myös yhteys vanhempiin ja kerrotaan leikkauksen sujumisesta.
Leikkaussalista elinsiirtolapsi siirretään teho-osastolle, jossa hoito kestää yhdestä vuorokaudesta muutamiin viikkoihin. Yleensä lapset pääsevät vuodeosastolle muutaman päivän sisällä.
Vuodeosastollakin lapsi on alkuun tehovalvottava eli hänellä on hoitaja vierellään ympäri vuorokauden. Lapsella voi olla useita dreenejä ja letkuja, jotka hankaloittavat liikkumista aluksi. Potilaan vointia seurataan tarkasti monella tavalla: verenpainetta, sykettä, lämpöä ja virtsantuloa mitataan, unohtamatta potilaan kuulemista.
Lääkkeet, nesteet ja ravinnonanto tapahtuvat alkuun suonensisäisesti ja kivunlievitys on tärkeää. Siirrännäisen toimintaa seurataan laboratoriokokeilla ja kuvantamistutkimuksilla. Tarvittaessa siirrännäisestä voidaan ottaa koepala pienessä nukutuksessa.Hoito vuodeosastolla kestää 3–4 viikkoa, mutta voi joskus pitkittyä erilaisten ongelmien vuoksi.