Tärkein lasten munuaissiirron syy maassamme on synnynnäinen suomalaistyyppinen nefroosi (CNF, NPHS1), joka on taustalla 40 prosentissa leikkauksista (taulukko 2). Nämä lapset saavat siirteen varhain eli 1–2 vuoden iässä valkuaisvirtsaisuuden komplikaatioiden välttämiseksi.
Toinen tärkeä munuaissiirtojen syy ovat munuaisten ja virtsateiden rakenteelliset poikkeavuudet (CAKUT), jotka voivat korjausleikkauksista huolimatta johtaa munuaistoiminnan hiipumiseen. Nämä potilaat joutuvat usein munuaisensiirtoon kouluiässä. CNF- ja CAKUT ryhmien lisäksi munuaissiirtoa tarvitaan monissa perinnöllisissä sairauksissa, kuten polykystinen munuaistauti (ARPKD) ja nefronoftiisi, sekä tulehduksellisissa munuaissairauksissa.