Leikkausvalmistelut tehdään sovitulla osastolla. Leikkausvalmisteluihin kuuluu suihku, tarvittaessa ihokarvojen ajelu, nukutuslääkärin tapaaminen sekä esilääkitys. Leikkausvalmisteluihin kuluu aikaa noin 1,5 tuntia.
Läheinen tai saattaja voi olla mukana leikkaussaliin lähtemiseen asti. Leikkaussaliin kuljetetaan sängyllä. Leikkaussalissa alkaa nukutusvalmistelut ja laitetaan mahdollisuuksien mukaan epiduraalikatetri leikkauksen jälkeistä kivunhoitoa varten.
Keuhkonsiirtoleikkaus kestää yleensä 10–12 tuntia. Keuhkonsiirtoleikkaus tehdään rintaontelon avauksesta sydän-keuhkokoneen tukemana. Keuhkonsiirrossa liitetään yhteen siirrettävän elimen ja potilaan keuhkoputket, keuhkolaskimot ja keuhkovaltimot.
Leikkaussalista siirrytään nukutettuna ja hengityskoneessa toipumaan Sydänkirurgiselle teho-osastolle, josta läheiset voivat tiedustella vointia.