Nya barnsjukhuset vid HUS har ett eget jourarrangemang för organtransplantationer. Detta sker i samarbete med vuxenenheten som till största delen svarar för donationsoperationen. När information fås om en lämplig donator kallas barnpatienten till Vårdavdelningen Miraklet på Nya barnsjukhuset där transplantationspatienter vårdas.
Efter ankomsten undersöks patientens lungor och bihålor med röntgen samt tas ett antal laboratorieprover. Behandlingen med immunsuppressiva läkemedel mot avstötning inleds innan patienten förs till operationssalen. Säkerhet om den kommande operationen fås inom några timmar och det slutgiltiga beslutet och själva operationen sker oftast nattetid.
Vid transplantationer av njurar från levande donator kommer man överens om transplantationsdagen i god tid och patienten och donatorn kommer till HUS redan dagen innan. Operationen på donatorn, eller uttagningen av njuren, sker på den vuxenkirurgiska enheten följande morgon och transplantatet sätts in åt mottagaren på Nya barnsjukhuset under förmiddagen.