Mikäli irtokojeita ei puhdisteta säännöllisesti, voi niiden istuvuus suuhun muuttua niihin kertyvän hammaskiven takia. Koje voi myös alkaa hangata limakalvoa sekä maistua ja haista pahalta siihen kertyneen plakin takia. Kertynyt plakki voi aiheuttaa pahan hajuista hengitystä tai makua suussa, sekä altistaa limakalvosairauksille ja tulehduksille.
Irrotettava oikomiskoje puhdistetaan pääsääntöisesti hampaiden harjauksen yhteydessä, aamuin illoin. Kokoaikaisesti käytettävät irtokojeet on myös hyvä huuhdella vedellä, kun ne poistetaan suusta ruokailun ajaksi. Suu on hyvä huuhtoa vedellä ruokailun päätyttyä ennen kojeen laittoa takaisin suuhun.
Yökäyttöön tarkoitetut kojeet pestään aamuisin, kun ne otetaan suusta pois. Ne säilytetään päivän aikana niille tarkoitetussa säilytysrasiassa kuivana. Nämä säilytetään niin etteivät esimerkiksi pienet lapset ja lemmikit pääse niihin käsiksi. Ennen suuhun laittoa on koje hyvä huuhdella vedellä.
Koje pestään pehmeällä hammasharjalla ja miedolla saippuavedellä, tähän voi käyttää astianpesuainetta tai käsisaippuaa. Kojeessa voi olla kovaa akryyliä, joustavaa muovia tai metallia ja kaikki osat pestään huolellisesti. Mikäli kojeessa on herkkiä jousirakenteita, ne pestään huolellisesti, mutta varovasti.
Lisäksi voidaan käyttää apteekeista saatavia poretabletteja tai puhdistusliuosta. Koje huuhdellaan huolellisesti pesun jälkeen.
Oikomiskojetta ei tule puhdistaa astianpesukoneessa tai mikrossa eikä sitä keitetä. Myös liian kuumaa vettä tulee välttää, kun kojetta puhdistetaan käsin, jottei kojeen muoto muutu.
Ensisijaisesti kojeen puhdistuksessa ja käytössä noudatetaan ohjeita, jotka ammattilainen kojeen luovutuksen yhteydessä antaa.