Lievä vasemman kammion paksuuntuminen saattaa liittyä verenpainetautiin tai aorttaläpän ahtaumaan; tällöin ei useinkaan puhuta hypertrofisesta kardiomyopatiasta ja näissä tiloissa hoito kohdistuu aiheuttavaan sairauteen.
Varsinaisen hypertrofisen kardiomyopatian taustalta löytyy usein geenipoikkeama; useita eri geenipoikkeamia on liitetty sydänlihaksen liialliseen paksuuntumiseen. Sairaus voi alkaa jo nuorella iällä. Jos suvussa tiedetään olevan alttius hypertrofiseen kardiomyopatiaan, niin lähisukulaisilta voidaan testata samaa geenipoikkeamaa ja tarvittaessa käynnistää jatkotutkimukset. Mikäli taustalta ei löydy mitään sydänlihasta kuormittavaa syytä, niin varsinaista lääkehoitoa sydänlihaksen paksuuntumisen estämiseksi ei ole.
Oireita voidaan lievittää tai oireita lievitetään lääkehoidolla ja tarvittaessa tahdistinhoidolla, mikäli vaikean rytmihäiriön uhka on kasvanut. Mikäli sydänlihaksen paksuuntuminen rajoittaa verenvirtausta vasemman kammion ulosvirtauskanavassa, niin voidaan harkita erikoistoimenpiteitä paksuuntumisen hillitsemiseksi.