Genom en kapselendoskopi av tunntarmen används för att utreda sjukdomar i tunntarmen som man inte har kunnat utreda på annat sätt. Vid undersökningen avbildar man tunntarmens väggar med en kapselkamera som följer tarmens rörelser. Den ersätter inte endoskopi av magsäcken d.v.s. gastroskopi och tjocktarmen d.v.s. koloskopi.
Undersökningen utförs inte under en graviditet och lämpar sig inte för patienter med förträngningar eller obstruktioner i tarmen.