Ympäristöön joutuvien lääkkeiden ja niiden jäämien haittavaikutukset riippuvat monista tekijöistä, kuten eläinlajista, altistuksen kestosta sekä ympäristön muusta kemikaalikuormituksesta. Eri sairauksia hoidetaan erilaisilla lääkkeillä, ja yhden lääkkeen haitat voivat kohdistua veteen, kun taas toisen haitat kohdistuvat ilmakehään. Ongelman laajuutta lisää se, että valtaosa lääkeaineista hajoaa ympäristössä hyvin hitaasti. Tämä voi lisätä lääkejäämien kertymistä ympäristöön ajan myötä. Pitkäaikaisvaikutusten ennustaminen on vaikeaa. Jokainen lääkeaine ja sen hajoamistuotteet pitäisi tutkia yhdessä ja erikseen. Tätä ongelmaa eri maiden viranomaiset, lääketeollisuus ja Euroopan lääkevirasto (EMA) pyrkivät ratkaisemaan yhdessä.
Euroopan Unionin alueella lääkejäämiä seurataan mittaamalla pitoisuuksia vesistöissä ja vesissä elävissä eliöissä, kuten kaloissa. Jos jokin lääke näyttää aiheuttavan huomattavia haittoja, aletaan sitä seurata tarkemmin. Tällaisille lääkkeille pyritään määrittämään ne rajat, missä sitä saa löytyä luonnosta. Toistaiseksi meillä ei kuitenkaan ole lainsuomia keinoja, millä niiden lääkkeiden käyttöä voisi rajoittaa. Eräät EU-maat ovatkin alkaneet lisätä tietoa suoraan kuluttajille, jotta haitallisiksi tiedettyjen lääkkeiden ostamista aina harkittaisiin tarkemmin. Nyt jo tiedetään, että esimerkiksi diklofenaakki hajoaa huonosti vedenpuhdistamoilla ja on haitallinen jo pienehköillä pitoisuuksilla mm. kaloille. Kaloissa diklofenaakin tiedetään vaikuttavan aineenvaihduntaan ja munaistoimintaan, sekä kalojen kykyyn sopeutua erilaisiin ympäristömuutoksiin.