Solunsalpaajien tyypillisin haittavaikutus on pahoinvointi, jota pyritään estämään ennalta antamalla pahoinvointia vähentävää lääkitystä. Nykyaikaisilla lääkkeillä solunsalpaajahoidosta aiheutuva pahoinvointi saadaan estettyä tai lähes poikkeuksetta vähennettyä varsin vähäiseksi.
Solunsalpaajat aiheuttavat haittoja erityisesti elinjärjestelmissä, joissa on nopeasti jakautuvia soluja. Käytännön kannalta tärkein tällainen elin on luuydin, joka tuottaa veren solut.
Luuytimen toiminnan vaimeneminen solunsalpaajahoidon vuoksi aiheuttaa kehon puolustuksesta huolehtivien valkosolujen, verenvuotoa ehkäisevien verihiutaleiden ja happea kuljettavien punasolujen vähenemisen verenkierrossa.
Valkosolujen väheneminen altistaa tulehdustaudeille, minkä vuoksi solusalpaajahoitoa saava potilas on syytä eristää tartuntojen ehkäisemiseksi, ja infektio-oireiden ilmaantuessa on hakeuduttava aikailematta lääkärin arvioon hoidosta vastaavaan sairaalaan. Aikaa, jolloin valkosolut ovat matalimmillaan ("solukuoppa"), voidaan lyhentää antamalla valkosolujen kasvutekijää, joka annostellaan ihonalaisina pistoksina solunsalpaajahoidon jälkeen.
Verihiutaleiden ja punasolujen (käytännössä hemoglobiinin) määrää seurataan säännöllisesti solunsalpaajahoidon aikana ja tarvittaessa molempia verituotteita voidaan antaa ennen kuin oireita aiheutuu.
Karvatupen solut ovat myös herkkiä solusalpaajien vaikutukselle, joten tehokkaan solunsalpaajahoidon aikana hiukset (ja muut ihokarvat) putoavat ja niiden kasvu pysähtyy. Hiukset kasvavat uudestaan, kun solunsalpaajahoidon intensiivisin vaihe päättyy.
Monilla solunsalpaajilla on lisäksi omia, vain kyseiselle lääkkeelle ominaisia haittavaikutuksia. Tällaisia ovat esimerkiksi vinka-alkaloidien (esimerkiksi vinkristiini, vinblastiini) aiheuttamat hermosärky, ummetus ja hermovauriot, antrasykliinien (esimerkiksi doksorubiisiini, daunorubisiini) aiheuttamat sydänvaikutukset ja platinajohdannaisten (cisplatina, karboplatina) aiheuttamat munuais- ja kuulohaitat.
Solunsalpaajien aiheuttamia haittavaikutuksia seurataan säännöllisesti hoidon aikana ja tarvittaessa hoitoa muunnetaan esimerkiksi pienentämällä lääkeannoksia.
Osa solunsalpaajista aiheuttaa myös hedelmällisyyden heikentymistä ja lapsettomuutta. Mikäli hedelmällisyyden merkittävä heikentyminen on odotettavissa, pyritään sukusoluja tai niitä sisältävää kudosta keräämään talteen potilaalta ennen hoitojen aloitusta tai hoidon alkuvaiheessa.
Murrosikäisten poikien siittiöiden pakastus on rutiinikäytäntö, mutta kiveskudoksen ja munasarjakudoksen pakastus on toistaiseksi vain tutkimusprojektiin liittyvää toimintaa. Munasolujen kypsytyshoito murrosikäisillä tytöillä on harvoin mahdollista sen vaatiman muutaman viikon valmisteluajan vuoksi.