Lymfopeniassa on yleensä kyse T-solujen ja erityisesti auttaja-T-solujen vajeesta, mutta myös B-solujen ja NK-solujen puutostiloja esiintyy.
Lymfopeniaa voivat aiheuttaa esimerkiksi virukset (HIV, influenssa, hepatiitti), bakteerit (salmonella, tuberkuloosi) ja kortikosteroidi-, solunsalpaaja- ja sädehoidot. Kun nämä ulkoiset altisteet poistuvat, lymfopenia korjautuu.