Harvinaisia epilepsiaoireyhtymiä tunnetaan ainakin noin 30. Lisäksi harvinaisia sairauksia, joissa epilepsia on merkittävä oire, tunnetaan ainakin yli 160. Tunnettuja harvinaisepilepsioidensyitä ovat aivojen kehityshäiriöt, eri syistä johtuvat aivovammat tai kromosomi- ja geenipoikkeavuudet, mukaan lukien useita suomalaiseen tautiperintöön kuuluvia sairauksia. Harvinaisepilepsioiden diagnostiikka tarkentuu koko ajan, kun geenitutkimus ja aivojen kuvantamistutkimukset kehittyvät. Näin ollen harvinaisepilepsioita tunnistetaan epilepsian taustalta koko ajan enemmän.