Leikkaushoito kohdistuu epilepsiakohtausten lähtökohtaan aivoissa eli epilepsiapesäkkeeseen. Epilepsiakirurgia tarkoittaa, että epilepsiapesäke poistetaan tai eristetään kirurgisesti. Epilepsian leikkaushoidon mahdollisuuksia on hyvä alkaa selvitellä heti, kun kohtaukset jatkuvat asianmukaisista lääkehoitoyrityksistä huolimatta ja haittaavat merkittävästi potilaan elämää. Leikkaushoito voi olla vaihtoehto etenkin niille, joilla on paikallisalkuinen epilepsia.
Normaaliksi tulkittu magneettilöydös ei välttämättä sulje pois mahdollisuutta leikkaukseen. Potilaan pitää luonnollisesti haluta leikkaushoitoa sekä ymmärtää leikkauksen riskit ja mahdollisuudet. Nämä riskit ja mahdollisuudet tutkitaan yksilöllisesti, niin sanotussa epilepsiakirurgisessa arviossa. Monissa tapauksissa epilepsiakohtaukset voivat kokonaan loppua leikkaushoidon jälkeen, joskus vaikutus on kohtauksia vähentävä tai lievittävä.
Kaikissa yliopistosairaaloissa voidaan tehdä alustavia selvittelyjä, kuten video-EEG-tutkimuksia. Varsinaiset epilepsiakirurgiset arviot ja toimenpiteet on Suomessa keskitetty kahteen keskukseen: Kuopioon (KYS) ja Helsinkiin (HUS).
Epilepsian leikkaushoidon voi estää, jos kohtausten lähtökohtaa ei ole mahdollista paikantaa tai rajata aivoissa riittävän tarkasti tai epilepsiapesäke sijaitsee niin, että alueen leikkaamiseen liittyy liian suuria haittoja tai riskejä. Myös vaikeat mielenterveyden ongelmat ja korkea ikä voivat rajoittaa potilaan mahdollisuuksia hyötyä leikkauksesta.