Under operationen avlägsnas tjocktarmen och ändtarmen. Av tunntarmens slutdel konstrueras en behållare som ersätter ändtarmen, en så kallad bäckenreservoar (J-påse). Denna fästs vid ändtarmsöppningen. En sådan operation kallas IPAA-operation. Operationen möjliggör att man kan tömma tarmen normalt via ändtarmsöppningen och därmed undvika en permanent tunntarmsstomi. Ulcerös kolit kan botas tack vare denna typ av operation och patienten behöver inte längre den ordinerade medicineringen.
Under en planerad, elektiv operation, är det möjligt att under en och samma operation avlägsna både tjocktarmen och ändtarmen. Det vill säga man gör en proktokolektomi där man konstruerar en bäckenreservoar (J-påse). Behovet av en tillfällig stomi som skyddar operationssårets läkningprocess, övervägs från patient till patient. Ifall en tillfällig stomi görs, kan den i ett senare skede stängas operativt efter att man först har säkerställts att den tidigare gjorda tarmförbindelsen har läkt.
Vid en akut operation avlägsnas tjocktarmen men man lämnar kvar ändtarmen och gör en tillfällig tunntarmsstomi. Även i sådana fall kan nästan alltid bäckenreservoar (J-påse) konstrueras i efterhand i samband med att man avlägsnar ändtarmen.
Bäckenreservoaren (J-påsen) är en behållare som konstruerats av tunntarmen. Tjocktarmen och ändtarmen kapas av ovanför slutarmuskeln vid ändtarmen. Av tunntarmens slutdel konstrueras en J-formad behållare som fästs med en tarmfog vid ändtarmsöppningen. Ändtarmens slutarmuskel sparas så att kontinensen bibehålls så normal som möjligt efter operationen.
En inflammation i bäckenreservoaren, som är en del av tunntarmen, är den vanligaste långtidskomplikationen efter en sådan operation. När det har gått 10 år sedan operationen, har lite under hälften av patienterna upplevt minst en inflammation i bäckenreservoaren. Symptomen på inflammation i bäckenreservoaren (J-påsen) är en ökad avföringsfrekvens samt blod i avföringen. Behandlingen är i huvudsak antiobiotika. Probioter kan användas vid förebyggande behandling av inflammation i bäckenreservoaren (J-påsen).
Det är inte möjligt att åt alla som insjuknat i ulcerös kolit, konstruera en bäckenreservoar. Ifall patienten är gammal och dåligt allmäntillstånd eller om patientens slutarmuskel inte fungera optimalt, lönar det sej inte att konstruera en påse. Ibland, dock sällan, räcker inte tarmen tillräckligt långt ner i bäckenet för att en bäckenpåse skall kunna konstrueras. Om patienten definitivt hellre vill ha en tunntarmsstomi, kan en sådan göras enligt patientens önskemål och då låter man bli att göra en J-påse.