Vid operationer relaterade till Crohns sjukdom strävar man alltid efter en så tarmbesparande behandling som möjligt. Sjukdomen förekommer oftast i slutet av tunntarmen (terminala ileum) och i början av tjocktarmen (caecum). Av dessa patienter behöver upp till 80 % slutligen kirurgisk behandling.
Det vanligaste problemet orsakat av Crohns sjukdom är en förträngning (striktur) i slutet av tunntarmen, vilket kan orsaka tarmobstruktionssymptom. Symptomatiska patienter genomgår ileocekal resektion, där början av tjocktarmen och slutet av tunntarmen avlägsnas. Vid operationen strävar man efter att ta bort endast den nödvändiga delen av tarmen för att minimera möjliga absorptionsstörningar och komplikationer relaterade till avkortning av tarmen. Om en stor del av tunntarmen, särskilt dess slutdel, måste avlägsnas, kan det leda till absorptionsstörningar av fetter, gallsyror och vitamin B12.
Om den symptomframkallande förträngningen finns någon annanstans i tunntarmen, avlägsnas den förträngda delen av tunntarmen och tarmdelarna förenas med varandra under operationen. Korta förträngningar i tunntarmen kan behandlas med strikturoplastik, där den förträngda delen av tarmen vidgas utan att själva tarmdelen avlägsnas. Detta görs genom att öppna tarmväggen och sy den tvärs över, vilket vidgar den tidigare trånga delen av tarmen. Då förbättras tarmens genomströmning och symptomen lindras.
Hos ungefär en tredjedel av patienter med Crohns sjukdom är inflammationen lokaliserad i tjocktarmen. Vanligtvis förekommer inflammationen på höger sida av tjocktarmen, men den kan uppträda var som helst i tjocktarmen. Om Crohns sjukdom är begränsad till höger sida av tjocktarmen, kan en högersidig hemikolektomi utföras, där den sjuka delen av tjocktarmen avlägsnas och tarmändarna förenas. Om inflammationen har spridit sig mer omfattande i tjocktarmen, kan en subtotal kolektomi utföras, där största delen av tjocktarmen avlägsnas. Tunntarmen kan då förenas antingen med sigmoideum (ileosigmoidal anastomos) eller med rektum (ileorektal anastomos), förutsatt att det inte finns svår inflammation i rektumområdet. Om rektum är kraftigt inflammerad, analkanalen är förträngd eller patienten har perianala fistlar, kan rektum och anus behöva avlägsnas helt. Då görs en permanent ändileostomi. Crohns sjukdom kan också leda till akuta komplikationer som kräver akut kirurgi.
Vid fistulerande Crohns sjukdom, där gångar (fistlar) bildas till exempel från tunntarmen till tjocktarmen, urinblåsan eller slidan, avlägsnas både den inflammerade tarmdelen och fistelkanalen under operationen.
Efter tarmoperationen rekommenderas en endoskopi inom cirka sex månader efter operationen för att bedöma tillståndet vid anastomosen och upptäcka eventuella tecken på sjukdomsåterfall i ett tidigt skede. Crohns sjukdom återkommer lätt just vid anastomosen, och tidig uppföljning möjliggör att behandlingen kan påbörjas vid behov innan symptomen förvärras.