Symtomen kan börja redan som nyfödd eller först i ung vuxen ålder.
En mycket tidigt debuterande, svår sjukdomsform kan framskrida mycket snabbt och leda till döden på grund av andningssvikt orsakad av förlamning av diafragman. Andra vanliga, särskilt hos spädbarn och barn, första symtom är kranialnervspareser, som kan orsaka dövhet, blindhet på grund av förtvining av synnerven, sväljsvårigheter, svårigheter att producera tal, svårigheter att svälja, svaghet i ansiktsmusklerna och begränsning av ögonrörelser. Dessutom konstateras ofta muskelsvaghet och skada på nerver som förmedlar proprioception (sensorisk ataxi).
Vid sent debuterande sjukdomsform som ger symtom i tonåren eller vuxen ålder är laboratorieprover oftast normala, dvs. normala resultat av acylkarnitin- eller B2-vitaminnivåer utesluter inte transportdefekt. Första symtomet kan vara motorisk neuropati i extremiteter, ansikte och/eller bål, dvs. muskelförtvining och muskelsvaghet i kombination med koordinationsstörning (ataxi), eller nedsatt hörsel och/eller syn. Symtomen kan utvecklas snabbt eller mycket långsamt under årtionden. I dessa lindriga fall är sjukdomen vanligtvis inte dödlig ens utan behandling. Sällsynta symtom kan vara hängande ögonlock, funktionsstörningar i ögonmusklerna eller epilepsi.
På senare tid har det publicerats fall av unga vuxna som utvecklat typiska symtom (problem med extremitets- och ansiktsmuskler, nedsatt hörsel och syn) strax efter att de övergått till vegetarisk kost, då B2-vitaminintaget minskat kraftigt och en lindrig transportdefekt blivit betydande.
Hos unga eller vuxna kan sjukdomens symtom efterlikna Guillain-Barré-syndromet, ALS, perifer motorisk neuropati, mononeuritis multiplex eller blandad neuropatisyndrom.
