Sjukdomen har en mycket varierande sjukdomsbild, och den kan ge symtom i spädbarnsåldern eller först i sen vuxenålder beroende på sjukdomens svårighetsgrad.
I den klassiska spädbarnsformen börjar symtomen under de första levnadsmånaderna med ätstörningar, luftvägsinfektioner eller en avsaknad av faser i den motoriska utvecklingen (vända på sig, sitta och stå). Barnet har muskelhypotoni, dvs. slapphet. Typiskt utvecklas förtjockning av hjärtväggarna, eller kardiomyopati. Dessutom kan tungan eller levern förstoras. Om den inte behandlas leder sjukdomen till döden före ett års ålder.
I den icke-klassiska barndomsformen är det huvudsakliga symtomet muskelsvaghet. Endast ett fåtal patienter utvecklar en hjärtsjukdom. Hos dessa barn försenas den motoriska utvecklingen eller de har svårigheter att springa eller delta i idrott, eller de upplever svaghet eller trötthet. Glykogenupplagringen i andningsmusklerna, även i mellangärdesmuskeln, kan leda till andningssvårigheter i synnerhet i liggande ställning. Vadmusklerna kan vara förtjockade. Muskelsjukdomen och andningssvikten förvärras lite i sänder, tills personen är beroende av andningsstöd eller är rullstolsbunden. Hos vissa personer kan sjukdomen leda till döden i barnaåldern på grund av andningssvikt.
Sjukdomsformen som uppträder i vuxen ålder börjar i allmänhet i 20–40 års ålder. De första symtomen visar sig som svårigheter att använda musklerna, till exempel när man springer, går uppför trappor, promenerar eller reser sig från sittande. Symtom kan även vara svaghet i sväljmusklerna, förskjutning av skulderbladet eller hängande ögonlock, dvs. ptos. Muskelkramper och trötthet kan ingå i symtomen. Hos 11 procent av patienterna har de första symtomen börjat redan i barndomen.
Sjukdomen påverkar mest bålens och extremiteternas proximala muskler och påminner därför om skulder-bäcken-muskeldystrofi. Även mellangärdesmuskeln insjuknar ofta och orsakar ibland akut andningssvikt till och med som första symtom. Funktionsstörningar i mellangärdet kan undersökas genom att genom andningsprov utreda vitalkapacitetens försämring från sittande ställning till liggande. Ibland är en måttlig skulder-bäckengördelsvaghet i anslutning till svår andningssvikt ett fynd som väcker misstanke om Pompes sjukdom.
Sjukdom i hjärtmuskeln utvecklas oftast inte hos vuxna. Hos åtta procent konstateras en ledningsstörning i hjärtat (Wolff-Parkinson-White (WPW)-syndrom).
Den huvudsakliga dödsorsaken är andningssvikt, vars status bör följas upp med årliga funktionstester och genom behandling med andningsstöd vid behov. Mer sällan kan en upplagringssjukdom i blodkärl i skallen, dvs. aneurysmer, orsaka en hjärnhändelse.
Upp till en av fem har normal halt av muskelenzymer (CK). Som screening för diagnosen används enzymaktiviteten i torrdroppsprov, men i mycket lindriga fall ska det göras i odlade fibroblaster. En muskelbiopsi kan uppvisa typiska förändringar (PAS-färgning), men i vart tredje vuxendebuterande fall är resultatet normalt.
