Sjukdomen har en mycket varierande sjukdomsbild och kan bli symtomatisk i spädbarnsåldern eller först sent i vuxen ålder beroende på sjukdomens svårighetsgrad.
I den klassiska spädbarnsformen börjar symtomen under de första månaderna av livet med matningssvårigheter, luftvägsinfektioner eller uteblivna viktiga motoriska utvecklingsstadier (vändning, sittande och stående). Barnet har muskelhypotoni, det vill säga slapphet. Vanligtvis utvecklas en hjärtsjukdom som förtjockar hjärtväggarna, det vill säga kardiomyopati. Dessutom kan tungan eller levern förstoras. Utan behandling leder sjukdomen till död före ett års ålder.
I den icke-klassiska barndomsformen är huvudsymtomet muskelsvaghet. Endast ett fåtal patienter utvecklar hjärtsjukdom. Dessa barn har försenad motorisk utveckling eller har svårt att springa eller delta i sport, eller upplever svaghet eller trötthet. Glykogenansamling i andningsmusklerna, inklusive diafragman, kan leda till andningssvårigheter, särskilt i liggande ställning. Vadmusklerna kan vara förtjockade. Muskelsjukdom och andningssvikt förvärras gradvis tills personen är beroende av andningsstöd eller är rullstolsbunden. Hos vissa personer leder sjukdomen till död i barndomen på grund av andningssvikt.
Sjukdom som blir symtomatisk i vuxen ålder börjar vanligtvis vid 20–40 års ålder. De första symtomen tar sig i uttryck i form av svårigheter att använda musklerna, till exempel vid löpning, trappklättring, gång eller att resa sig från en stol. Symtom såsom svaghet i sväljmusklerna, scapula alata (utstickande skulderblad) eller hängande ögonlock (ptos). Muskelkramper och trötthet kan vara en del av symtombilden. Hos 11 % av patienterna börjar de första symtomen redan i barndomen.
Sjukdomen påverkar mest musklerna i bålens och extremiteternas proximala områden, så den liknar en skulder-bäckenmuskelsjukdom. Diafragman påverkas också ofta, vilket ibland till och med som första symtom orsakar akut andningssvikt. Diafragmans funktionsstörning kan undersökas genom att mäta vital kapacitet i sittande och liggande ställning. Ibland är måttlig skulder-bäckenmuskelsvaghet i samband med svår andningssvikt ett fynd som särskilt väcker misstanke om Pompes sjukdom.
Vanligtvis utvecklar vuxna inte hjärtmuskelsjukdom. Dock har åtta procent ledningsstörningar i hjärtat (Wolf Parkinson White (WPW) -syndrom).
Den främsta dödsorsaken är andningssvikt, vars tillstånd bör övervakas med årliga funktionstester och andningsstödbehandlingar bör påbörjas vid behov. Mer sällan kan intracerebral vaskulär ansamling eller aneurysm orsaka en stroke.
Muskelenzymnivån (CK) är normal hos upp till var femte person. Som screeningtest kan biokemisk analys av enzymaktiviteten utföras på torkat blod på ett filterpapper, men i mycket milda fall bör det göras från odlade celler från hud (fibroblastceller). Muskelbiopsi kan visa typiska förändringar (PAS-färgning), men i en tredjedel av vuxenfall är resultatet normalt.
