Sairauteen liittyy laajalti vaihteleva taudinkuva, ja se voi tulla oireiseksi vauvaiässä tai vasta myöhäisessä aikuisiässä riippuen taudin vaikeusasteesta.
Klassisessa vauvaiän tautimuodossa oireet alkavat elämän ensi kuukausien aikana syömishäiriöinä, hengitystieinfektioina tai tärkeimpien motorisen kehityksen vaiheiden puuttumisena (kääntyminen, istuminen ja seisominen). Lapsella on lihasten hypotoniaa eli velttoutta. Tyypillisesti kehittyy sydämen seinämiä paksuntava sydänvika eli kardiomyopatia. Lisäksi kieli tai maksa voi suureta. Hoitamattomana sairaus johtaa kuolemaan alle yhden vuoden iässä.
Ei-klassisessa lapsuusiän tautimuodossa pääasiallinen oire on lihasheikkous. Vain harvoille potilaille kehittyy sydänsairaus. Näillä lapsilla motorinen kehitys viivästyy tai heillä on vaikeuksia juosta tai osallistua urheiluun, tai he kokevat heikkoutta tai väsymystä. Glykogeenin kertyminen hengityslihaksiin, myös pallealihakseen, voi johtaa hengitysvaikeuksiin etenkin makuuasennossa. Pohjelihakset voivat olla paksuuntuneet. Lihassairaus ja hengitysvajaus pahenevat vähitellen, kunnes henkilö on riippuvainen hengitystuesta tai on pyörätuolipotilas. Joillakin henkilöillä sairaus johtaa kuolemaan lapsuusiässä hengitysvajauksen vuoksi.
Aikuisiässä oireiseksi tuleva sairaus alkaa yleensä 20–40-vuotiaana. Ensimmäiset oireet ovat ilmenevät vaikeuksina lihasten käytössä esimerkiksi juoksussa, portaiden nousussa, kävelyssä tai tuolista nousussa. Oireena voi olla myös nielemislihasten heikkous, lapaluun siirotus tai riippuluomi eli ptoosi. Lihaskrampit ja väsymys voivat liittyä oireistoon. Potilaista 11 %:lla ensimmäiset oireet ovat alkaneet jo lapsuudessa.
Sairaus vaikuttaa eniten vartalon ja raajojen tyvialueiden lihaksiin, joten se muistuttaa hartia-lantiorenkaan lihassairautta. Pallealihas sairastuu myös usein aiheuttaen joskus jopa ensimmäisenä oireena akuutin hengitysvajauksen. Pallean toiminnanhäiriötä voidaan tutkia selvittämällä hengitystutkimuksissa vitaalikapasiteetin huononeminen istuma-asennosta makuuasentoon. Joskus vaikeaan hengitysvajaukseen liittyvä vain kohtalainen hartia-lantiorenkaan heikkous on erityisesti Pompen taudin epäilyn herättävä löydös.
Yleensä aikuisille ei kehity sydänlihaksen sairautta. Kuitenkin kahdeksalla prosentilla todetaan sydämen johtumishäiriö (Wolf Parkinson White (WPW) -oireyhtymä).
Pääasiallinen kuolinsyy on hengitysvajaus, jonka tilaa tulisi seurata vuosittaisilla toimintakokeilla ja aloittaa tarvittaessa hengitystukihoidot. Harvemmin kallonsisäinen verisuonten kertymäsairaus tai verisuonipullistumat voivat aiheuttaa aivotapahtuman.
Lihasentsyymipitoisuus (CK) on normaali jopa joka viidennellä. Diagnoosin seulontatestinä käytetään veren kuivapisaran entsyymiaktiivisuutta, mutta hyvin lievissä tapauksissa se tulee tehdä ihokoepalasta viljellyistä fibroblastisoluista. Lihaskoepalassa voi olla tyypilliset muutokset (PAS-värjäys), mutta joka kolmannessa aikuisalkuisessa tapauksessa tulos on normaali.
