Vid hypokondroplasi förekommer liknande fynd som vid akondroplasi, men de är lindrigare. Huvudet är vid den övre gränsen för normal storlek eller stort, pannan kan vara bred och konvex. När man står kan svanken i ryggen vara framhävd och det är vanligt att armbågslederna har en lindrig begränsning i utsträckningen. Lindrig hjulbenthet förekommer hos vissa patienter. Till skillnad från akondroplasi kan hypokondroplasi vara förknippad med en mild fördröjning i den mentala utvecklingen och/eller epilepsi hos vissa patienter.
Den motoriska utvecklingen framskrider normalt och muskulaturen är vanligtvis välutvecklad.
Hypokondroplasi är sällan förknippad med en förträngning av det stora nackhålet (foramen magnum) i barndomen. Spinal stenos och cirkulationsstörningar av cerebrospinalvätskan är möjliga. Därför bokas en magnetundersökning av hjärnan och ryggraden för barnet efter diagnosen.
Sömnstudier kan behövas för att upptäcka eventuella andningsstörningar under sömnen.
Vid anestesi måste man ta hänsyn till en eventuell förträngning i stora nackhålet.
I tillväxtåldern övervakar man tillväxten och utvecklingen av huvudets omkrets hos hypokondroplasipatienter med hjälp av tillväxtkurvor för akondroplasipatienter.
Vuxenlängden för kvinnor är 128–151 cm och för män 138–165 cm. Den förväntade livslängden är normal.