Hypofosfatasi delas in i fem olika typer: perinatal, infantil, barndomstyp, vuxentyp och tandtyp. Dessa olika former av sjukdomen varierar i svårighetsgrad och det finns en viss överlappning mellan dem.
Perinatal och infantil form är de svåraste formerna av sjukdomen. I den perinatala formen orsakar sjukdomen redan en svår benmineraliseringsstörning hos fostret och fostret kan dö i livmodern. De flesta dör som nyfödda utan enzymsubstitutionsbehandling. I den infantila formen uppträder symtomen hos barnet före 6 månaders ålder. Det är också en allvarlig form av sjukdomen och man uppskattar att endast hälften av de personer som drabbas av den infantila formen överlever utan läkemedelsbehandling. Benen är onormalt korta och deras utformning är störd. Röntgenbilder av bentillväxten visar förändringar som tyder på svår rakit. Skallbenen är mjuka och har obefintlig mineralisering. Barnet kan få krampanfall. Kranialsuturerna kan förbenas i förtid och orsaka en ökning av det intrakraniella trycket. Andningssvårigheter är vanliga på grund av den lilla bröstkorgen och de korta, sköra revbenen. Det är vanligt att man behöver andningsstöd. Ibland upptäcks frakturer redan i spädbarnsåldern.
Barndomsformen uppträder efter 6 månaders ålder, men före vuxen ålder. Dess svårighetsgrad är också varierande. Barnet kan växa långsammare än vanligt och ha muskelsvaghet, vilket syns som en långsammare motorisk utveckling än hos jämnåriga. Hos vissa barn diagnostiseras sjukdomen när mjölktänderna lossnar med roten utan olycka eller tandinfektion. Röntgenbilder kan visa förändringar i bentillväxten.
Hypofosfatasi hos vuxna kan vara mycket lindrig och förbli odiagnostiserad. Långsamt läkande stressfrakturer är ett typiskt symtom. Det kan finnas problem med de permanenta tänderna.
Vid odonto-hypofosfatasi förekommer symtomen endast i tänderna.
