Hyposfosfatasia jaotellaan 5 eri muotoon: perinataaliseen, infantiiliin, lapsuustyyppiseen, aikuistyyppiseen ja hammastyyppiseen. Sairauden vaikeusaste vaihtelee eri tautimuodoissa. Tautimuotojen välillä on jonkin verran päällekkäisyyttä.
Perinataalinen ja infantiilinen muoto ovat vaikeimmat sairauden muodot. Perinataalisessa muodossa sairaus aiheuttaa jo sikiölle luiden vaikean mineraalistumishäiriön ja sikiö voi menehtyä kohdussa. Suurin osa menehtyy vastasyntyneisyyskaudella ilman entsyymikorvaushoitoa. Infantiilissa muodossa lapsen oireet tulevat esiin ennen 6 kuukauden ikää. Myös se on vaikea sairausmuoto. On avioitu, että vain noin puolet infantiilia muotoa sairastavista jää eloon ilman lääkehoitoa. Sairastuneen luut ovat poikkeavan lyhyet ja niiden muotoutumien on häiriintynyt. Luiden kasvualueilla havaitaan röntgenkuvissa vaikeat riisitautiin sopivat muutokset. Kallon luut ovat pehmeät ja niiden mineralisoituminen on olematonta. Lapsella voi esiintyä kouristuksia. Kallon saumat voivat luutua ennenaikaisesti ja aiheuttaa kallonsisäisen paineen nousua. Hengitysvaikeudet ovat yleisiä johtuen pienestä rintakehästä sekä lyhyistä ja hennoista kylkiluista. Hengitystuen tarve on tavallista. Joskus jo vauvaiässä todetaan murtumia.
Lapsuusiän muoto ilmenee 6 kuukauden iän jälkeen, mutta ennen aikuisikää. Senkin vaikeusaste on vaihteleva. Lapsi voi kasvaa tavanomaista hitaammin ja hänellä voi olla lihasheikkoutta, joka ilmenee ikätovereita hitaampana liikunnallisena kehityksenä. Osalla lapsista sairaus todetaan, kun maitohampaita irtoaa juurinen ilman tapaturmaa tai hammasinfektiota. Röntgenkuvissa voidaan todeta muutoksia luiden kasvualueilla.
Aikuisiän hypofosfatasia voi olla hyvin vähäoireinen ja jäädä diagnosoimatta. Hitaasti paranevat rasitusmurtumat ovat tyyppioire. Pysyvissä hampaissa voi olla ongelmia.
Hammastyyppisessä eli odonto-hypofosfatasiassa oireita on ainoastaan hampaiston alueella.