Det finns sällan några större hinder för kortisonbehandling, men kan det vara svårt att använda kortison vid diabetes, övervikt, svåra kroniska infektioner och psykiska sjukdomar. Kortvarig användning av kortisonpreparat orsakar sällan biverkningar.
Vid långvarig användning, när behandlingsdosen överstiger 7,5 mg prednisolon per dygn, kan kortisonbehandling vara förknippad med biverkningar. Kroppens egen kortisonproduktion minskar, vilket man måste ta hänsyn till i stressiga situationer såsom olyckor eller operationer. Patienten ska se till att information om medicineringen finns tillgänglig. Läkaren överväger om en tillfällig höjning av behandlingsdoserna är nödvändig.
De vanligaste biverkningarna vid långvarig kortisonbehandling är viktökning, hjärt- och kärlsjukdomar, benskörhet (osteoporos), grå starr, utbrott av diabetes eller en ökning av blodsockernivån hos en diabetiker jämfört med tidigare, magsår vid samtidig användning av antiinflammatoriska läkemedel, tunnare hud, mer akne och ökad risk för olika infektioner. För att förebygga osteoporos måste ett tillräckligt intag av kalcium och D-vitamin säkerställas. Motion är också viktigt. När kortisonbehandling påbörjas bör mätningar av bentätheten (kotor, lårbenshals) utföras.