Monet sairaudet voivat aiheuttaa pitkäaikaista munuaisten vajaatoimintaa. Suomessa tavallisin pitkäaikaisen munuaisten vajaatoiminnan aiheuttaja on diabeteksen munuaistauti. Pitkäaikaisen munuaisten vajaatoiminnan hoidon tavoitteena on pyrkiä hidastamaan munuaissairauden etenemistä ja tukea munuaisten toimintaa, jotta vältyttäisiin dialyysihoidolta tai munuaissiirrolta.
Pitkäaikaisessa munuaisten vajaatoiminnassa on tärkeää huolehtia myös siitä, että vakituista lääkitystä säädetään munuaisten vajaatoiminnan edetessä joko lääkeannoksia pienentämällä tai annosvälejä pidentämällä. Joillakin lääkkeillä, kuten nesteenpoistolääkkeillä sekä tietyillä diabetes- ja verenpainelääkkeillä (esimerkiksi ns. ”-gliflotsiineillä”, kuten empagliflotsiinillä, ”-priileillä”, kuten ramipriilillä ja ”-sartaaneilla”, kuten valsartaanilla) lääkevaikutus kohdistuu osin tai kokonaan munuaisiin. Joissakin tapauksissa näiden lääkkeiden vaikutus heikkenee, kun munuaisten kunto huononee. Esimerkiksi nesteenpoistolääke furosemidin annosta voidaan tällöin nostaa, mutta muille lääkkeille joudutaan usein miettimään toinen vaihtoehto. Eräitä verenpainelääkkeitä pyritään kuitenkin jatkamaan pienellä annoksella diabeteksen munuaistaudissa, sillä ne vähentävät virtsaan erittyvän proteiinin määrää ja vaikuttavat suotuisasti verenpaineeseen. Pitkäaikaisen munuaisten vajaatoiminnan hoidon kulmakivet ovat kohonneen verenpaineen hoito, proteiinimäärän vähentäminen virtsassa sekä taustasyyn, kuten diabeteksen, hyvä hoito. Taudin etenemistä pyritään hidastamaan yllä mainittujen diabetes- ja verenpainelääkkeiden avulla. Kyseisten lääkkeiden sopiva annos mitoitetaan seuraamalla tarkasti potilaan munuaistilannetta veri- ja virtsakokein. Tämän lisäksi eri lääkkeillä pyritään korjaamaan munuaisten vajaatoiminnan elimistöön aiheutuvia muutoksia, kuten anemiaa, nestetasapainon häiriöitä sekä veren fosfaattipitoisuuden nousua ja kalsiumpitoisuuden laskua.