IBD:n yleistymiseen on etsitty syitä muun muassa ruokavaliosta, antibioottien käytöstä ja hygieniatasosta. Lisäksi syyksi on esitetty luonnollisten mikrobikontaktien vähäisyyttä varhaislapsuudessa (ns. hygieniahypoteesi).
Mikään yksittäinen ravintotekijä ei ole toistaiseksi osoittautunut merkitykselliseksi taudin aktiivisuuden säätelyssä, vaikka potilaat saattavat yhdistää oireiden pahenemisen esimerkiksi runsaaseen sokerin tai maitotuotteiden nauttimiseen. Tulehduksellisia suolistosairauksia sairastavilla on todettu matalia D-vitamiinitasoja, mutta ei tiedetä varmuudella, ovatko matalat D-vitamiinipitoisuudet sairauden syy vai seuraus.
Tupakoitsijoilla on suurempi riski sairastua Crohnin tautiin kuin tupakoimattomilla.
Psyykkisten tekijöiden ei ole todettu aiheuttavan sairautta, mutta stressi lisää sairauden oireita.