Nykymenetelmin sairautta aiheuttava perimän muutos on löydettävissä tai ainakin vahvasti epäiltävissä vain ehkä alle puolella harvinaissairautta sairastavista. Diagnostiikka kuitenkin kehittyy javarmentuu kaiken aikaa tiedon karttuessa suuriin kansainvälisiin tietokantoihin.
Osalle harvinaissairautta sairastavista potilaista ei diagnoosia löydetä laajoissakaan geneettisissä tutkimuksissa. Tähän syynä voi olla esimerkiksi se, että:
- kyseessä ei olekaan geneettinen sairaus.
- itse perimän muutoksen laatu voi tehdä tunnistuksesta hankalaa.
- geenivirhe ei ole nykymenetelmillä havaittavissa.
- sairauden puhkeamiseen vaikuttaa useampi geeni tai ympäristötekijät.
- tutkimuksissa löydetyn perimän muutoksen yhteys kyseiseen oireistoon jää epävarmaksi.
- sairautta aiheuttava perimän muutos on vain osassa potilaan soluista, jolloin tutkimusmenetelmän herkkyys ei riitä tunnistamaan sitä.
Jos geneettisissä tutkimuksissa ei päästä tarkkaan diagnoosiin, tyydytään ilmiasua kuvaavaan diagnoosiin. Näitä olivat kaikki harvinaisten sairauksien diagnoosit vielä muutama vuosikymmen sitten. Tarkan geneettisen diagnoosin löytäminen on erityisen toivottavaa, jos se mahdollisesti johtaa täsmällisempään hoitoon tai jos perhe tarvitsee sitä perinnöllisyysneuvontaa varten.
Vaikka sairauden aiheuttavaa perimän muutosta ei todeta, niin se ei toistaiseksi sulje pois täydellä varmuudella geneettisen taudin mahdollisuutta. Toisaalta löytyneidenkin perimän muutosten tulkinnat saattavat tarkentua vuosien saatossa eli joskus geneettisen testin tuloksena saatu diagnoosi voi ajan myötä osoittautua virhetulkinnaksi.