Kortisonihoidon käytölle on harvoin merkittäviä esteitä, mutta diabetes, ylipaino, vaikeat krooniset infektiot ja psyykkiset sairaudet ovat tiloja, joiden yhteydessä kortisonin käyttö voi osoittautua hankalaksi. Kortisonivalmisteiden lyhytaikainen käyttö aiheuttaa harvoin haittavaikutuksia.
Pitkäaikaisessa käytössä, hoitoannoksen ylittäessä 7,5 mg prednisolonia vuorokaudessa, kortisonihoitoon saattaa liittyä haittavaikutuksia. Elimistön oma kortisonin tuotanto heikkenee, mikä on otettava huomioon stressitilanteissa, kuten tapaturmissa tai leikkaustoimenpiteiden yhteydessä. Potilaan on huolehdittava, että tiedot lääkityksestä on saatavilla. Lääkäri harkitsee, onko tilapäinen hoitoannosten lisääminen tarpeen.
Yleisimpiä pitkäaikaisen kortisonihoidon haittavaikutuksia ovat painonnousu, sydän- ja verisuonisairauksien lisääntyminen, luuston heikkeneminen (osteoporoosi), kaihi, diabeteksen puhkeaminen, mahahaava samanaikaisen tulehduskipulääkityksen yhteydessä, ihon oheneminen, aknen lisääntyminen ja erilaisten infektioiden lisääntyminen. Osteoporoosin ehkäisemiseksi on huolehdittava riittävästä kalsiumin ja D-vitamiinin saannista. Liikunta on myös tärkeää. Kortisonihoitoa aloitettaessa on harkittava luuntiheysmittauksien (nikamat, reisiluun kaula) suorittamista.