Lääkettä ei voi käyttää sulfalle tai asetyylisalisyylille allergiset henkilöt. Tavallisimpia haittavaikutuksia ovat mahavaivat, pahoinvointi ja täyttävä tunne ylämahalla sekä päänsärky. Haitat korjaantuvat yleensä annosta pienentämällä.
Joskus haittavaikutus ilmaantuu kuumeisena ihottumana, tuolloin lääkitys täytyy lopettaa heti ja ottaa yhteyttä hoitavaan lääkäriin.
Vakavammat haittavaikutukset ovat muutokset verenkuvassa, maksan tai munuaisten toiminnassa. Näitä seurataan säännöllisillä verikokeilla. Virtsa saattaa muuttaa väriään lääkityksen aikana. Mahdolliset haittavaikutukset tulevat yleensä 3 ensimmäisen hoitokuukauden aikana. Sulfasalatsiini voi vähentää siittiöiden muodostumista, mistä syystä lääkettä ei suositella annettavaksi sellaisille miehille, joilla on perheessä lapsettomuusongelmia. Lääkityksen lopettamisen jälkeen siittiömuodostus normalisoituu.