Med hjälp av laboratorieundersökningar följer man med sjukdomens förlopp, medicineringens effekt och säkerhet. Möjliga associerade sjukdomar kan även upptäckas med laboratorieprover. I undersökningarna ingår blod-, avförings- och urinprov. Provtagningen sker i regel med 3 månaders – 1 års mellanrum. Användningen av vissa läkemedel, såsom cytostatika, kräver åtminstone i början av behandlingen en tät uppföljning med laboratorieprover.
Laboratorieprover som används under uppföljning är blodstatus, som omfattar bland annat hemoglobin, leukocyter eller vita blodkroppar, erytrocyter eller röda blodkroppar och trombocyter eller blodplättar, samt levervärden S-ALAT och S-AFOS. Till proverna hör också inflammationsvärden S-CRP och sänka, S-Krea som beskriver njurarnas funktion samt S-Alb som beskriver näringsstatus. Blodstatus med diff hör till grundundersökningarna för de som använder cytostatika. Utöver blodstatus omfattar de även de vita blodkropparnas undergrupper såsom neutrofiler och lymfocyter.
Avföringsprov tas i början av sjukdomen, när den aktiveras och under uppföljningen. Kalprotektinet i avföringen är en måttstock för tarmsjukdomens aktivitet. Vid behov tar man också bakterieodlingsprov från avföringen, t.ex. bakterieodling 1 och clostridium difficile. Urinprov tas för att följa upp njurarnas funktion.