Bölderna öppnas och töms kirurgiskt. Dessutom använder man antibiotika för att behandla bölder och fistlar.
Man sätter ofta så kallade Seton-trådar på de fistlar som öppnas på huden på skinkan. Tråden går igenom fistelgången och håller på så sätt gången öppen, vilket gör att varansamlingarna kan rinna ut och den akuta situationen lugnar sig och att det inte kan uppstå några nya bölder. När inflammationen har lugnat sig kan man vid behov fortsätta behandla fistlarna med vanliga kirurgiska metoder.
Om den perianala Crohns sjukdomen är svår även utöver fistlarna kan man behöva ta bort hela ändtarmen och göra en bestående stomi. En tillfällig stomi kan också komma på fråga för att lugna inflammationen.
Om Crohns sjukdom orsakar komplicerade fistlar med många kanaler i analregionen kan man använda TNF-alfahämmare som medicinering efter att man har öppnat bölderna och vid behov behandlat fistlarna med Seton-trådar. Man kan kombinera medicineringen med azatioprin-, 6-merkaptopurin- eller metotrexatläkemedel.
Många gånger behöver man göra en magnetkameraundersökning (MRI) av bäckenet före behandlingen för att utreda symtomen på perianal Crohns sjukdom och sjukdomens omfattning.