Hälsogranskningar för värnplikt utförs redan innan uppbåden på hälsocentralerna. Under hälsogranskningen bör man berätta om alla kroniska sjukdomar, till exempel om en inflammatorisk tarmsjukdom. Både till förhandshälsogranskningen och till själva uppbådet måste man ta med sig ett utlåtande av en specialläkare om sitt hälsotillstånd.
Beslut om tjänsteduglighet och tjänstegrad tas av uppbådsläkaren. Om sjukdomen förblir lugn med en lindrig medicinering, uppkommer det sällan problem. Ibland är det förnuftigt att flytta på tjänstgöringen och i de svåraste fallen kan man få befrielse från tjänstgöring i fredstid.
Samma gäller vid beordran till repetitionsövningar: man måste omedelbart meddela om sjukdomen och leverera ett utlåtande av behandlande läkare till den som anordnar repetitionsövningarna.
En inflammatorisk tarmsjukdom kan utbryta eller aktiveras under armétiden. Om tjänstgöringstiden inte kan utföras normalt, avbryts tjänstgöringen och den värnpliktige skickas helt och hållet hem.