Immunsuppressiv medicinering används också som förebyggande behandling mot skov. Vid Crohns sjukdom används oftast immunsuppressiv medicinering direkt som underhållsmedicinering.
Under medicineringen kan infektionskänsligheten öka och därför bör man undvika att använda vaccin som innehåller levande virus.
Azatioprin och 6-merkaptopurin verkar genom att förhindra delningen av de celler som deltar i nukleinsyrametabolismen och immunförsvaret. Verkningstiden börjar långsamt under 3–6 månaders tid. Läkemedlen doseras som tabletter.
Metotrexat minskar funktionen och aktiviteten i immunsystemets celler. Metotrexatets verkan kommer fram relativt långsamt. Dess fulla verkan kan konstateras om cirka två månader efter att behandlingen har påbörjats. Användningen av metotrexat är förbjudet minst tre månader före en graviditet samt under graviditeten och amningen. Även män bör pausa användningen minst tre månader innan graviditeten börjar. Metotrexat kan doseras som tabletter eller injektioner som man sticker själv hemma.
Om man med azatioprin, 6-merkaptopur eller metotrexat uppnår terapisvar, fortsätts medicineringen 3–5 år.
Ciklosporin är en hämmare av calcineurin som används vid kortvarig behandling av svår ulcerör kolit. Ciklosporin kan i några dagar ges som intravenösa infusioner på sjukhuset. Om man uppnår terapisvar, fortsätts medicineringen oralt i 3–4 månaders tid.