Sällsynta leversjukdomarna kan vara medfödda, ärftliga, autoimmuna eller kroniskt inflammatoriska. Orsakerna, symtomen och behandlingsalternativen för dessa sjukdomar kan variera stort, och diagnostiken och behandlingen är utmanande. När det gäller ärftliga leversjukdomar uppkommer symtomen i en del fall genast efter att barnet fötts, men ofta uppkommer de till och med först i sen vuxen ålder.
Sällsynta metaboliska leversjukdomar som är ärftliga är bland annat Wilsons sjukdom som gör att koppar lagras i kroppen, hjärnan och andra livsviktiga organ. Vid tyrosinemi är tyrosinets metabolism störd och störningen kan ge upphov till en nedsatt leverfunktion. Sjukdomen ökar risken för levercellscancer. Glykogenlagringssjukdomarna är en grupp störningar som leder till en onormal lagring och användning av glykogen i levern. Vid hemokromatos ackumuleras det för mycket järn i kroppen, vilket exponerar för bland annat levercirros och levercellscancer. Alfa-1-antirypsinbrist kan orsaka levercirros.
Sjukdomar som är ärftliga eller relaterade till utvecklingsstörningar i gallgångarna är bland annat Alagilles syndrom som associeras med hypoplastiska gallgångar och gallvägsatresi som konstateras hos spädbarn och där de extrahepatiska gallgångarna fattas. Carolis sjukdom kännetecknas av en säckliknande utvidgning av gallgångarna.
Sällsynta autoimmuna leversjukdomar eller kroniska inflammatoriska leversjukdomar är bland annat autoimmun hepatit där kroppens immunsystem angriper levercellerna och primär biliär kolangit där de små gallgångarna förstörs. Primär skleroserande kolangit har drag av en kronisk inflammatorisk sjukdom och autoimmun sjukdom. Sjukdomen förstör de större gallgångarna i och utanför levern och utsätter stort för gallgångscancer.