Det första tecknet på sjukdomen är mörka fläckar i blöjan, men det är inte säkert man märker det, eftersom man redan har kastat bort engångsblöjan innan syran gör att urinen mörknar. Cirka 5 gram HGA utsöndras i urinen varje dag, medan friska barn utsöndrar endast 20–30 milligram. En förändring av urinens färg till grå, svart eller blå när den står eller om man tillsätter alkalier, kan sålunda leda till en diagnos.
Utöver en mörk urin ger sjukdomen inga symtom under barndomen eller i ungdomen. I 20–30 års ålder börjar ledsjukdomen utvecklas speciellt i ryggraden. Det vanligaste symtomet är ryggvärk som börjar i nedre delen av ryggen före 40 års ålder. Samtidigt blir ryggen stel och rörelseomfånget begränsas.
Ryggslitaget rör sig lite i sänder uppåt till bröst- och nackryggraden. Kotdiskarna sjunker och förkalkas och diskmellanrummen kan sjunka så de blir orörliga. Till slut blir kroppen kortare, man får skolios, kyfos och en märkbart begränsad funktionsförmåga. De yttre ligamenten i ryggkotorna kan också förkalkas och det kan uppstå benutskott, osteofyter, i kotkanten. Diskbråck kan orsaka smärta.
Förslitningar och inflammation i de stora lederna börjar i 30–50 års ålder, i allmänhet i axlar, höfter och knän, men det kan även uppstå besvär i små leder, brosk, ledband och senor. Lederna kan svälla, men de är inte hettande eller röda. De flesta patienter har kronisk ledvärk och rörelsebegränsningar. Varannan patient har fått en konstgjord led i 55 års ålder. De konstgjorda lederna håller lika länge som andra.
Ungefär i samma ålder börjar man se mörka pigment i ögonvitorna och på örsnibbarna. Dessa pigment kan finnas även på fingrarna, och mer sällan på andra ställen. Okronos kan orsaka senrupturer, oftast i akillessenan, och de läker sämre än normalt. Risken för benbrott är något förhöjd.
Från 50–60 års ålder kan hjärtklaffsfel utvecklas (framför allt aortaklaff) eller förkalkning av kranskärl eller aorta. Vissa patienter kan utveckla svarta njurstenar, prostatastenar eller spottkörtelstenar.
Sjukdomen konstateras genom att undersöka organiska syror i engångsurinprov, där en mycket hög homogentisathalt konstateras.
