Papanäytteestä voidaan havaita esimerkiksi:
emättimen bakteeritulehdus eli bakterielli vaginoosi (emättimessä maitohappobakteerien määrä vähentynyt, bakteeritasapainon häiriö)
tulehdus (valkosolujen määrä lisääntynyt näytteessä)
atrofia (estrogeenin puutteesta johtuvaa emättimen limakalvon ohenemista ja haurastumista)
regeneraatio (kudoksen uusiutumiseen liittyvä hyvänlaatuinen muutos)
sytolyysi (solujen hajoaminen emättimen happamuuden vuoksi)
sieni (hiivasientä esiintyy usein suolessa ja usein myös oireettomana emättimessä; se saattaa ajoittain aiheuttaa myös oireisen emättimen sienitulehduksen, jonka oireena on kutina)
sekafloora (bakteerien sekakasvua emättimessä)
herpes (Herpes simplex -virusta nähtävissä papanäytteessä)
tricomonas, melko harvinainen alkueläin, joka aiheuttaa emätintulehduksen