Om avvikande fynd framkommer i struktur- eller kromosomundersökningen, kallas föräldrarna för att diskutera fyndet och dess innebörd med en ärftlighetsläkare. Vid behov ordnas också möjlighet att diskutera med andra specialister, t.ex. de som ansvarar för barnets eventuella fortsatta vård. Om föräldrarna vill ha mer specifika undersökningar informeras de om vilka möjligheter till fosterdiagnostik som finns tillgängliga i deras situation. Vid genetisk vägledning informeras föräldrarna om betydelsen av fyndet för eventuella framtida graviditeter och vid behov föreslås fortsatta undersökningar för att utreda den genetiska defekten. Läkaren eller sjukskötaren som ger vägledning fungerar som expert och stöd, men tar inte ställning till föräldrarnas beslut (icke-direktiv vägledning).
Föräldrarna får utifrån sina egna bedömningar och värderingar fatta beslut om eventuella fortsatta undersökningar och om graviditeten ska fortsätta. Om föräldrarna bestämmer sig för att ansöka om avbrytande av graviditeten kan de enligt finländsk lag göra det fram till den 24:e graviditetsveckan på grund av en allvarlig utvecklingsstörning eller skada hos fostret. För att avbryta graviditeten mellan graviditetsveckorna 12 och 24 behövs tillstånd från Tillstånds- och tillsynsverket för social- och hälsovården (Valvira). Om föräldrarna bestämmer sig för att fortsätta graviditeten görs bästa möjliga arrangemang för uppföljningen av graviditeten, förlossningen och den eventuella vården som barnet kan behöva efter födseln.