Exomsekvensering är en omfattande genetisk undersökning som undersöker informationen i tusentals gener samtidigt.
Ordet "exom" avser den del av arvsmassan som innehåller den egentliga genetiska informationen. Sekvensering är däremot en undersökningsmetod som kan användas för att ta reda på den information som finns i generna.
Endast cirka 1,5 procent av arvsmassan innehåller verklig genetisk information och utgör exomet. Resten av arvsmassan består bland annat av regioner som reglerar genernas funktion, olika upprepade sekvenser och regioner av okänd betydelse.
Vid sjukhusdiagnostik undersöks vanligtvis omkring 5 000–6 000 sjukdomsgener. Man vet att det finns cirka 20 000 gener i människans arvsmassa. De flesta av generna undersöks därför inte med hjälp av exomsekvensering, eftersom läkarvetenskapen ännu inte känner till deras funktion och betydelse.
Exomsekvensering används för att diagnostisera sällsynta ärftliga sjukdomar och medfödda utvecklingsstörningar. Metoden lämpar sig särskilt väl för situationer där man misstänker en ärftlig sjukdom som tros orsakas av defekter i ett stort antal olika gener, eller där det inte är möjligt att förutsäga orsaken till sjukdomen i förväg.
Vid exomsekvensering används en metod som kallas NGS (next-generation sequencing), som producerar information om innehållet i generna hos den person som undersöks. Resultatet jämförs med frisk kontrollarvsmassa. De punkter som skiljer sig från kontrollarvsmassan granskas närmare.
Miljontals olika punkter, dvs. genförändringar, som skiljer sig från kontrollarvsmassan konstateras hos varje person som undersöks. De allra flesta är helt ofarliga variationer i den mänskliga arvsmassan, men vissa kan också innehålla förändringar som kan orsaka sjukdomar, dvs. genetiska defekter. Datorprogram och algoritmer används för att identifiera dessa förändringar. Godartade, obetydliga förändringar filtreras bort och de återstående genförändringarna klassificeras. Klassificeringen görs av en genetiker med hjälp av databaser och medicinsk litteratur.
Det finns tre kategorier av genförändringar:
En P-klassificering innebär att förändringen är patogen, dvs. att den med säkerhet orsakar sjukdom.
Klassificeringen LP (likely pathogenic) innebär att förändringen sannolikt orsakar sjukdom.
Ibland är förändringen så sällsynt att dess betydelse inte kan bedömas med säkerhet. En sådan förändring klassificeras som VUS (variant of unknown significance), dvs. förändring av okänd betydelse. Betydelsen av en sådan förändring kan bedömas på nytt om några år.
Undersökningen kan användas för att på ett tillförlitligt sätt upptäcka de vanligaste genetiska defekterna, dvs. punktmutationer och små deletioner och duplikationer.
Exomsekvensering identifierar inte alla möjliga typer av genetiska defekter, vilket inte heller någon annan undersökningsmetod gör. Genetiska defekter i upprepade sekvenser, stora kopienummervariationer, uniparental disomi och förändringar i metylering är exempel på genetiska förändringar som kräver andra metoder för att identifieras. Även om exomsekvenseringen inte upptäcker någon genetisk förändring kan det fortfarande finnas en genetisk orsak till sjukdomen.
Ett bifynd är en genetisk defekt som upptäcks av en slump under en exomsekvensering, trots att man inte sökt efter den. Det internationella medicinska samfundet har definierat de sjukdomsgener för vilkas del det är bra att rapportera genetiska defekter som hittats av en slump till patienten, om patienten i förväg så önskat. Bäraren av den genetiska defekten kan erbjudas effektiverad uppföljning av hälsotillståndet till följd av bifyndet.
Uppdaterad 8.3.2022
