Aivoinfarktin syyn selvittäminen on tärkeää, jotta potilasta voidaan hoitaa mahdollisimman hyvin ja estää aivoverenkiertohäiriön uusiutuminen.
Nuorilla aivoinfarktin syyt ovat huomattavassa määrin samoja kuin iäkkäimmilläkin potilailla, mukaan lukien valtimonkovettumatauti, sydänperäiset syyt ja useiden riskitekijöiden yhdessä aiheuttama pienten suonten tauti. Kuitenkin etenkin nuorille tyypillisiä aivoinfarktin syitä ovat edelleen muun muassa kaulavaltimon sisäseinämän repeämä eli dissekoituma ja aivolaskimotukos eli sinustromboosi.
Perusteellisista selvittelyistä huolimatta nuorilla alle 50-vuotiailla aivoinfarktin syy jää avoimeksi jopa 40 prosentilla potilaista. Tämän potilasryhmän ennuste ei kuitenkaan tutkimusten mukaan ole muita selvän syyn vuoksi sairastuneita huonompi. Näitä nuorten salasyntyisiä infarkteja tutkitaan aktiivisesti myös Suomen yliopistosairaaloissa.