Lääkäri ohjaa puolijäykän, 3–4 mm:n läpimittaisen tutkimusletkun sinun istuessasi aluksi jompaankumpaan sierainaukkoon. Ennen letkun laittoa hoitaja on voinut voidella sieraimesi öljytipoilla. Mikäli sieraimet osoittautuvat kovin ahtaiksi, saatetaan limakalvoja supistaa ns. nuhatipoilla. Letku käsitellään joko liukaste tai puudutegeelillä, jotka tuottavat kannaltasi saman lopputuloksen, mutta edellisellä on vähemmän sivuvaikutuksia. Sierainaukkoihin on mahdollista myös ruiskuttaa puudutetta, mutta sitä valuu väistämättä nieluunkin ja se on pahanmakuista. Nenän limakalvot ovat herkät, joten niitten ärtymistä on kaikesta huolimatta vaikea kokonaan välttää. Toisinaan letkun vienti (tai myöhemmin poisto) aiheuttaa lievän nenäverenvuodon, joka lakkaa nenää puristamalla.
Letkun kärki laukaisee alanielussa tavallisesti oksennusrefleksin. Tässä vaiheessa on tärkeätä, ettet hätäänny, vaan noudatat tarkasti lääkärin antamia ohjeita. Työntäessäsi leuan rintaan kiinni letku ohjautuu ruokatorveen sen sijaan. että se lipsahtaisi henkitorveen. Sinun kannattaa niellä hoitajan tarjoaman pillin kautta tiheään tahtiin pieniä vesitilkkoja, jotka avaavat tien ruokatorveen. Tämän jälkeen lääkäri saa työnnettyä letkun yleensä ongelmitta mahalaukun yläosaan saakka. Letku ankkuroidaan tähän kohtaan pään takaa kulkevalla nauhalla. Letkun aiheuttaman nieluärsytyksen voimakkuus ja kesto vaihtelevat. Joissakin tapauksissa tutkittava sopeutuu tilanteeseen heti letkun liikuttelun loputtua. Joillekin letku aiheuttaa voimakasta pahoinvointia ja yökkäilyä, mutta rauhoittuu muutamassa minuutissa.
Mittausta varten sinua pyydetään siirtymään makuulle. Pääsääntöisesti tutkimus tehdään selinmakuulla, mutta sydämen sykkeen ja hengitysliikkeen aiheuttamien häiriöitten takia voi joskus olla tarpeellista kääntyä kylkiasentoon. Ensiksi tehdään perusmittaus, jossa riittävän pitkä (20–30 s) nielaisutauko rauhoittaa ruokatorven. Sen jälkeen siirrytään toimintamittaukseen, jossa nielet sinulle tarjotusta ruiskusta teelusikallisen nestettä (vettä tai mietoa suolaliuosta) vähintään kymmenen eri kertaa. Lopuksi sinut ohjataan nousemaan takaisin istumaan, jossa juot mukillisen nestettä nopeaan tahtiin. Tarpeen mukaan tehdään vielä lisämittauksia esimerkiksi kiinteän tai nestemäisen ravinnon nielemisen aikana. Mittaustapahtuma kestää tavallisesti 10–15 minuuttia, mutta se voi huomattavastikin pidentyä, jos esimerkiksi hankala nieluärsytys vaikeuttaa ohjelmoitujen nielaisujen läpivientiä. Lopuksi hoitaja vetää letkun ulos ja tutkimus loppuu. Lääkäri voi joissakin tapauksissa arvioida löydöstä heti tuoreeltaan, mutta useimmiten mittausarvoja pitää ennen tulosten saamista analysoida tarkemmin.
Mikäli sinulle tehdään pelkkä manometria, pääset nyt lähtemään ja voit yleensä syödä ja juoda normaalisti. Jos puudutetta on käytetty, kannattaa kuitenkin vielä parin tunnin ajan niellä huolellisesti, jottei ruoka nielun tunnottomuuden takia menisi väärään kurkkuun. Tavallisimpina jälkivaivoina esiintyy kipua tai nestevuotoa nenästä sekä ärsytystä nielussa. Nämä ovat useimmiten melko lieviä ja muutamassa tunnissa ohimeneviä, joten normaalin päivärytmiin palaaminen ei yleensä tuota mitään ongelmia.
Manometrian jälkeen käynnistetään monille potilaille ruokatorven pH:n (happamuuden) tai impedanssin (sähkövastuksen) vuorokausiseuranta: ks. oma selostuksensa.