Man vet att ärftliga faktorer påverkar om man får sjukdomen eller inte. Man tror att det beror på medfödda avvikelser i tarmens slemhinna som leder till en onormal försvarsrespons mot tarmens bakterier.
5–20 procent av alla som har inflammatoriska tarmsjukdomar har antingen Crohns sjukdom eller ulcerös kolit i släkten. Föräldrar, helsyskon och barn till personer med en inflammatorisk tarmsjukdom löper cirka 10–15 procent större risk att få en inflammatorisk tarmsjukdom. För Crohns sjukdom är risken något högre än för ulcerös kolit. Om den ena föräldern har en inflammatorisk tarmsjukdom löper barnet 10–20 procents risk att få sjukdomen. Om båda föräldrar har en inflammatorisk tarmsjukdom är risken att barnet insjuknar 30–50 procent.